Los servicios educativos que el Museo brinda son formas de integración social para generar o fortalecer habilidades, conocimientos y valores de participación ciudadana que contribuyan a elevar capacidades personales y comunitarias de los beneficiarios y cultivar valores ignorados por las contraculturas y la manipulación de masas. En Maná se ha diseñado un plan de estudios con apego a objetivos académicos y no doctrinarios, cuyo eje se sostiene en tres áreas (Biblia, Filosofía de la Religión y Teología).

Acompañan a los planes de estudios cursos con temas específicos como son el del arte gótico de las catedrales, así como conferencias y la celebración anual de un seminario donde se presentan trabajos de investigación por parte de profesores y alumnos en donde son invitados también otros estudiosos.