Se integra por 8 fondos
1.- Fondo reservado
Cuenta con aproximadamente 1500 ejemplares que hayan sido impresos antes de 1924 y los facsímiles y cuasi originales.
2.- Fondo de la Biblioteca general
Formada por obras posteriores a 1924, está organizada temáticamente por asuntos sobre ciencias bíblicas, obras generales sobre la Biblia, museografía, bibliología, filosofía, teología, historia general y del cristianismo, judaísmo, ciencias sociales, historia, música y literatura, lingüística generla y lenguas bíblicas, pedagogía, derecho, política y colecciones. Incluye fondo digital de algunas obras.
3.- Fondo Hemeroteca
4.- Fondo Filmoteca
5.- Fondo Música
Amplia colección de acetatos, CD y partituras de Música Sacra y diversos instrumentos.
6.- Fondo de objetos museográficos
Como elementos de liturgia, de judaica, de ambientación, monedas, maquetas, mapas y cuadros.
7.- Fondo Archivo de Material Didáctico
Guarda antologías impresas, recursos pedagógicos, clases en audio y video de los 22 años que se han impartido diplomados.
8.- Fondo Archivo histórico del Museo
Que comprende documentos, fotografías, reportajes, vínculos de internet, publicidad y todo lo que refleja la vida de estos 24 años de la institución.